広野紘・宮村みやこ・堤京介・新藤景・雨宮優子らを中心にした物語(原作ゲームの『ef - the first tale.』に相当)と、テレビアニメ放送時点では未発売の『ef - the latter tale.』に相当する、新藤千尋・麻生蓮治・火村夕らを中心にした物語が並行して描かれている。紘・みやこの物語では、アニメ独自の設定やエピソードも登場している。
紘・みやこの物語と蓮治・千尋の物語ではアニメの表現に違いがある。紘・みやこの物語では、明るい色彩で描かれ、第3者の視点で展開しているのに対し、蓮治・千尋ではモノローグを中心としており、暗い色彩である。