小学4年生の男子・アオヤマの住む街で、ある日突然、ペンギンの群れが出現する怪事が起こり始めた。ペンギンの正体と彼らの目指す先について「ペンギン・ハイウェイ研究」を始めたアオヤマは、顔なじみの歯科医院のお姉さんがペンギンを出現させる瞬間を目撃する。だが、なぜペンギンを出せるのかは、お姉さん自身にも分かっていなかった。
ペンギンの出現法則を解明しようとお姉さんと実験する一方、アオヤマは友人の男子
・ウチダ、同じクラスの女子・ハマモトとの3人で、ハマモトが発見した森の奥の草原に浮かぶ謎の球体〈海〉についての共同研究を始める。やがてアオヤマは、〈海〉とペンギンとお姉さんの奇妙な関連性に気づく。
舞台は、筆者の出身地である生駒市の北東部(北大和・真弓周辺)であり、映画版においては小学校や歯科医院など実際の建物と酷似する建物の描写がある。続きを表示