前作とは違い、使用する武器が全キャラ異なっている。基本的なゲームシステムは『グラディウス』とほぼ変わりないが、前作同様ルーレットカプセル（普通のパワーアップカプセルと同じ形だが、取得するとパワーアップゲージの点灯部分がルーレットのように回転する）やベルパワーが存在したりと、パロディウスシリーズ独特のシステムとなっている。

同時期（3か月前）に発売された『グラディウスIII -伝説から神話へ-』に比べると中盤までなら難易度もそれほどでなく、ペンギンなどの可愛らしいキャラクターや斬新なステージ展開からパロディウスシリーズの人気度アップに貢献し、この年のゲーメスト大賞では総合2位を受賞している。

シリーズ初のリアルタイムで難易度が上下する「タイマー難度」を搭載しており、パワーアップやノーミスでゲームを進行することで難易度が上昇する。特にスピードアップを取ることによる難易度上昇は顕著で、ノーミスでパワーアップして進行すると1周目の２面あたりから撃ち返し弾が飛んでくるほど難易度が急上昇する。そのため、手堅くノーコンティニュークリアを目指すにはスピードアップすら自粛する忍耐プレイを行う必要があるなど、表面的なかわいらしさとは裏腹に非常にマニアックな難易度のゲームとなっている。アーケードのグラディウスシリーズでは初めてコンティニューを採用しており、ミスやコンティニューすれば難易度が下がるようになっている。なお、PSP版では難易度の上昇率を変更できるようになっている。

当時のゲーム雑誌のゲーメストでは開発スタッフによる殆ど全ての敵キャラクターのイラストが公開された。

OPデモの『スペース・シューティング物語 グラディウスの進化 第573話』はグラディウスIIのOPをパロディにしたものである。

ベルパワー

ツインビーシリーズにも登場するベルで、赤い敵や敵編隊を倒すとパワーカプセルの代わりに時々出現する。初期状態は黄色だが、攻撃を5発当てるごとに青→白→緑→赤→再び青…と色が変化し、色が変わった時に取ると様々な特殊攻撃が可能になる。ベルパワーは一度に1種類しか保持できず、例えばスーパーボムを持っていても緑ベルで巨大化するとスーパーボムのストックはなくなる。どれも強力で緊急回避には便利だが、黄色以外のベルパワーはバリアとは併用できず、ベルパワーを保持している間はタイマー難度が上昇するというデメリットもある。

黄色ベル／スコアアップ

落とさずに取り続けると500→1000→2500→5000→10000点と貰える点数が多くなる。

青ベル／スーパーボム

画面全体を攻撃し、敵弾も相殺できる強力なボム。マニュアルモードではボムボタン（ミサイルボタンと兼用）で発射可能で、爆発が広がって画面全体が白くフラッシュした時は自機が一瞬だけ無敵になり、その間に地形をすり抜ける事も可能。使用せずに再び青ベルを取ればストックされ、最大3発まで保持できる。

白ベル／メガホン

メガホンから様々な文字が表示され、その文字で前方に向かって攻撃する。地形すら貫通し、敵弾も相殺可。ただし、メガホン使用中はオプションでの攻撃ができないため、上下や後方への攻撃が手薄になるというデメリットもある。

緑ベル／巨大化

自機が巨大化し、一定時間無敵になり地形に進入可にて体当たりで攻撃できる。ただし、その間は通常の攻撃やベルの取得はできない。

赤ベル／菊一文字

ボムボタンを押すと前方に発射され、ビームが縦方向に広がり、そのビームに触れた敵にダメージを与え、敵弾も相殺できる菊一文字が3発ストックされる。発射された菊一文字に重なっている間は無敵。攻防一体の兵器として有用だが、高速スクロール面では一瞬で後方に流れるため本来の機能を発揮できないが、後方の敵を一掃する効果を発揮する。

登場キャラクター

ビックバイパー

本作ではたいやき屋の親父。58歳。装備は『グラディウス』そのまま。ダブルとレーザーを使い分ければ、どんな局面にも対応できる万能機体。他の機体と比較すると地味な印象だが、1周クリアーは比較的容易。

• スピードアップ - 自機の移動スピードが1段階アップ。最大5速。
• ミサイル - 自機の前方下方向に発射され、地形にそって移動するミサイル。足があり、地形につくと歩く。
• ダブル - 正面と前斜め上に通常弾を発射する。
• レーザー - 貫通力のある強力なレーザー。
• オプション - 自機と同じ攻撃をする分身を1つ装備。最大4個。自機の動きをトレースするが、自機の移動を止めるとオプションの移動も止まる。
• ！？ - シールド以外の全ての装備が無くなる（パワーダウン）。
• シールド - 前方からの攻撃を防ぐシールドが装備される。

タコ

本作の主人公、またの名はMr. パロディウス。『グラディウスII』のTYPE 4装備と全く同じ、バランスが取れた装備になっている。その反面、攻撃力がやや低く、斜め上と斜め下が死角になっているので、左端に追い詰められるとピンチに陥りやすい。

• スピードアップ - 自機の移動スピードが1段階アップ。最大5速。
• 2ウェイミサイル - 自機の上下に発射されるミサイル。
• テイルガン - 正面と真後ろに通常弾を発射。
• リップルレーザー - 波紋（リップル）のように拡大していくレーザー。
• オプション - 自機と同じ攻撃をする分身を1つ装備。最大4個。自機の動きをトレースするが、自機の移動を止めるとオプションの移動も止まる。
• ！？ - シールド以外の全ての装備が無くなる（パワーダウン）。
• オクトパストラップ - タコツボを装備して前方からの攻撃を防ぐ。ダメージを受けるとひびが入り、効力がなくなると割れる。

ツインビー

『ツインビー』シリーズの主人公。のはずだが、外見はウインビー（初代）風。17歳。攻撃範囲が広く火力も高い。3ウェイとロケットパンチが強力なので、復活がとても楽な機体。オプションの性質上、常に動き回らないといけないので、地形の狭いステージ（氷結地帯など）が苦手。

• スピードアップ - 自機の移動スピードが1段階アップ。最大5速。
• ロケットパンチ - 正面に発射され敵を貫通しつつ戻ってくるミサイル。
• テイルガン　 - 正面と真後ろに通常弾を発射。
• 3ウェイ - 正面と上下の3方向に通常弾を発射。
• オプション - 自機と同じ攻撃をする分身を1つ装備。最大3個。自機の動きをトレースする。自機の移動を止めてもすぐにはオプションの移動が止まらず、自機に重なっていく。
• ！？ - シールド以外の全ての装備が無くなる（パワーダウン）。
• フォースフィールド - 全方向からの攻撃を防ぐバリア。

ペン太郎

『けっきょく南極大冒険』のペンギンとペン子の間に出来た子供。9歳。攻撃力は高めだが、オプションとミサイルの相性が非常に悪く、フルパワーアップ状態でも死角が多い。4機体の中で、最も攻略が難しい。

• スピードアップ - 自機の移動スピードが1段階アップ。最大5速。
• ポットンミサイル - 真下に発射され敵を貫通するミサイル。地形にそって移動する。
• ダブル - 正面と前斜め上に通常弾を発射する。
• スプレッドガン - 着弾すると爆発し、爆風でもダメージを与えることができる弾。レバーの上下で発射角度が少々変わる。
• オプション - 自機と同じ攻撃をする分身を1つ装備。最大3個。自機の動きをトレースする。自機の移動を止めてもすぐにはオプションの移動が止まらず、自機に重なっていく。
• ！？ - シールド以外の全ての装備が無くなる（パワーダウン）。
• バブル - 全方向からの攻撃を防ぐ泡のバリア。

移植版

ファミリーコンピュータ版

1990年11月30日発売。ファミコンのゲームであるにもかかわらず、ビックバイパーはオプション4つ、長いレーザーを装備できる。しかし処理落ちが多くスプライト欠けも多い。全7面でAC版の4（日本）、6（パチンコ）、7（泡）、9（墓地）面が削られており、白ベルの効果がメガホンから1UPに変更されている。

2面の中ボスがちちびんたリカから露出度の低い衣装のミス・ミシタリーナというキャラに変更され、『ファミ通』（当時は『ファミコン通信』）、『ファミリーコンピュータMagazine』2誌ともに不満点の一つとして挙げていた。4面（AC版では3面にあたる）ボスのBGMが「天国と地獄」から「熊蜂の飛行」に変更され（前述）、5面ボスのよしこの攻撃も、よしおからハートに変更された。遊園地をモチーフにしたオリジナルステージがあるほか、特定のポイントから隠しステージに入る裏技もある。

エンディング曲は「パロディウス音頭」のフルバージョン（説明書に歌詞が掲載されている）となっている。

ゲームボーイ版

1991年4月5日発売（その後、1998年3月19日にコナミGBコレクション VOL.4で再収録）。ビックバイパーのレーザーは今までのGB版ネメシスシリーズと違って長い。オプションは2つまでしかつかないが、処理落ちは意外に少なく、難易度調節もある。モノクロで、ステージ数は少ないものの、最終面以外好きなステージから始めることができ、グラフィックのクオリティはファミコン版より高く、ちちびんたリカも登場するため『マイコンBASICマガジン』で高く評価されている。

X68000版

1991年4月19日発売。｢Oh!X｣ 1991年5月号に掲載された見開き広告では次のように紹介されていた。

1. 夢にみた業務用正統超絶移植。
2. MIDI対応。最強音質で「パロディウス音頭｣を踊れる。（対応機種/ローランドMT-32/CM-32L)
3. 豪華美麗高級NEWパッケージでお目見え。

デモ画面のタコや7面のボス（プーヤン）などをソフトウェア処理で拡大縮小（これにより多少の処理落ちが目立つ）している以外は、アーケード版の雰囲気をほぼ忠実に移植している。BGMについては、内蔵音源のみではハードの制限からオーケストラル・ヒットなどのサンプリング音が一部割愛されている。但し上記のMIDI音源を追加することにより、オリジナルよりも高品質で楽しむことができた。サウンドドライバの裏技としてサウンドテスト（このモードにすると「見つかっちゃった」と喋る）や、起動BGMをデータレコーダの変調音（ピーガガガというような音）風などに替えることもできた。

同機種、同社でのソフトウェアリリースはそれまでにも行われていたが、ソフトウェアが自社製になるのはこの製品からである。

サンプルでは、全てがCで書かれ、10MHz機での動作には処理落ちが目立つ状況であったが、負荷になる部分をアセンブラで書き直すことで、製品版では10MHz機でもゲームに支障のない速度になっている。

また、発売タイトル選定時に要望の多かった『グラディウスII』のリリースを検討するにあたり、よりエフェクトなど処理量の大きなこのソフトウェアの移植を行い、可否の判断をしたと、後日、BASICマガジンのインタビューで明らかにしている。

PCエンジン版

1992年2月21日発売。グラフィックのクオリティはアーケード版と比べると多少落ちるものの、先に発売されていたファミコン版やゲームボーイ版と比較すると高い移植度となっていた。容量などの問題により、OPデモの変更やステージ5（モアイ戦艦）とステージ8（氷結地帯）は削られている。

画面レイアウトが下部に集約された関係により、解像度の関係でメインのグラフィック表示するのに画面を多少上下にスクロールする仕様になった。ビックバイパーのレーザーは点滅表示（レーザー表示にスプライトを使用のため、最大表示個数の対策のための処理）、一部の面で二重スクロールしないなどの差異がある。

後に発売されたスーパーファミコン版ではカットされていた「ちちびんたリカの腰振り」や「泡ステージのセクシーボイス」やその他の細かな演出などはそのまま再現されている。使用できるコントローラーが2ボタン仕様のため、ベルパワーの使用はショットボタンを2度押しで行う。このため通常ショットはオート連射機能付きである。

オリジナルの追加仕様としてスコアアタックのモードが追加された。条件によってボスが怪傑ミドリマント、食通大王まんじりクン、スーパーDX皇帝ペンギンなど本作オリジナルのキャラも登場する。

スーパーファミコン版

1992年7月3日発売。移植発売が後発であること、スーパーファミコンのスペックを活かしてクオリティは非常に高いものになっている。音質はややアーケード版に劣るものの、当時の他のスーパーファミコンのシューティングゲームでよく見られた処理落ちも少なく、画面レイアウトやOPデモや多重スクロールもアーケード版と同様の為、グラフィック関連は素人目には違いがわからないほど移植の完成度は高い。

また、ビックバイパーのレーザー表示はBGで行っているため、他機種の移植版やで過去作のグラディウスIIIで見られた点滅表示ではなく、アーケード版とほぼ同様である。※8面のボスのプーヤン（フグ）演出にはモード7の拡大機能を使用のため、レーザーがスプライト表示となる関係で、多数のオプションを装備時には横並び制限によるスプライト欠けが起こる。

また、スーパーファミコン版のオリジナル仕様として、9面の墓地ステージクリア後に銭湯をモチーフにしたオリジナルステージがステージ10として追加された。ここをクリアするとSFC版ではステージ11となりAC版同様に要塞ステージへと突入する。またこれ以外にも点数稼ぎを競うトライアル的なステージとしてOMAKE! モード（おまけ面）が存在する。

さらにシステム面において、オートでも任意でパワーアップが可能になり（以降の関連作品のセミオートと同じ）、オプションではベルパワーの使用に専用のボタンの割り当てが可能になったり、難易度を8段階に設定可能等、アーケード版よりも設定関連の幅が広がっている。

演出面の変更に関しては、当時のスーパーファミコンソフトの製作に際の演出規制による、ちちびんたリカの腰振りの演出のカットや、白ベルのセリフの改編などがあった。この演出の規制対する開発者の思いが、白ベルのメガホン攻撃のセリフの「腰振らせてよ！」に見られる。

プレイステーション版

1994年12月3日発売。プレイステーション本体と同時発売。CD-ROMを採用した初のパロディウスということもあり、サウンド面ではほぼ完全な移植ではあるが、ゲーム内容としては処理落ち（敵の弾が大量発生した時、画面の動きが遅くなる現象）が全くない他、菊一文字に重なると無敵になるという攻略テクが無効、さらにはボス撃破・黄ベルの連取など高得点取得時に、かけ離れたスコアが得られるなど、アーケード版とは違う要素がある。

また、隠し要素としてでステージ2に列車風のオリジナルのステージが追加されており、条件を満たすことで本来の「ピエロの涙も三度まで」の代わりに登場する。このステージは『サンダークロス』ステージ4をアレンジしている。

プレイステーション版とセガサターン版は『極上パロディウス ～過去の栄光を求めて～』とのカップリングで『極上パロディウスだ！ DELUXE PACK』というタイトルになっている。

セガサターン版

1995年5月19日発売。プレイステーション版より後発のこともあり、移植度はプレイステーション版を上回る出来である。

携帯電話アプリ

2001年以降配信開始（i、S!、EZ（BREW）。内容は、PS版とほとんど変わりない。

プレイステーション・ポータブル版

2007年1月25日発売。シリーズ全作品を収録し『パロディウス ポータブル』に収録されている。移殖度は良好。4面のBGMがSFC版の銭湯ステージとAC版4面の後半のリミックス版になっている。難易度上昇率の変更、ゲーム中のセーブ・ロードが可能になっている。