アドベンチャー形式のゲーム進行で、各所でカードゲームによる対戦を行っていく。シナリオは1年目の内容を元に3部構成となっている。また、キャラクター設定には2年目以降の内容も取り込まれている。各部終了ごとにセーブデータの保存が必要となるため、メモリースティック未使用でのゲーム進行はできない。
「POWER OF THE DUELIST」までのカードをほぼ収録し、過去最高2400枚以上の収録カード数を誇る。フルボイスおよび3Dアニメーションによりテレビアニメのデュエル演出を再現している。新システムとしてタッグデュエルが搭載されており、2対2の対戦を楽しむことができる。また、ゲームソフトの他に限定カードが3種同梱されている。