本作はそれまでのMARVEL VS.シリーズ作品同様1チームは2人だが、前作『MARVEL SUPER HEROES VS. STREET FIGHTER』では戦闘中にチームのパートナーを呼び出せたのに対し、本作ではスペシャルパートナーと呼ばれる専用のキャラクターを呼び出すようになっている。ゲーム開始時にメンバーを2人選んだ後スペシャルパートナー選択用のルーレットが出現し、これでスペシャルパートナーを選ぶことになる。なお通常のルーレット選択のほかにも特定のコマンドによりパートナーを選択することや、相手が使用していたパートナーを奪う形で変更することが可能。
他に本作で登場したシステムとしては、一定時間パートナーと同時に攻撃を行うヴァリアブルクロスがある。効果時間中はほとんどのハイパーコンボ(超必殺技)が無制限に使用できるが『Lv3専用ハイパーコンボ』(本作で該当するものはリュウの「瞬獄殺」とモリガンの「エターナルスランバー」の2つ)、スペシャルパートナー、一般の協力攻撃は一切使用不可。