ニンテンドーゲームキューブで発売された唯一のスーパーロボット大戦シリーズである。他のシリーズ作品とは異なり、選択によるルート分岐は存在しない。加えて、繰り返しプレイ可能なサブシナリオが導入されている。通常シナリオ全59話、サブシナリオ全20話。本作の特徴として2001年の『スーパーロボット大戦α for Dreamcast』以来久々に、戦闘シーンに3Dポリゴンが使われたことが上げられる。また2000年の『スーパーロボット大戦α』から据え置き作品の標準となっていた、マップ画面でのクォータービューが採用されておらず、平面でのトップビューに戻っているのも特徴。