遠い未来、宇宙に進出した人類は「人類銀河同盟」を結成し、宇宙生命体ヒディアーズとの殲滅戦争を続けていた。銀河同盟軍のパイロットレド少尉はヒディアーズとの戦闘から撤退する際に母艦のワープに巻き込まれ、人型戦闘機「チェインバー」に搭乗したまま未知の宙域に転送されてしまう。
半年後、レドが目を覚ますと、そこは氷河期の到来によって滅んだはずの地球だった。海水面上昇によって人類は海上生活を営んでおり、
チェインバーを海底から引き揚げたのは巨大船団「ガルガンティア」のサルベージ屋ベローズだった。レドは配達人の少女エイミーを人質にとってガルガンティアの乗員たちとにらみ合う。
言葉の通じないレドとチェインバーを警戒していたガルガンティアだったが、チェインバーの人工知能が言葉を通訳できるようになり、レド達が女海賊ラケージを二度にわたって撃退したことで彼らを受け入れる。レドはガルガンティアで働きながら暮らし、エイミーの弟ベベルや修理屋ピニオンと知り合い、エイミーと惹かれあう。兵士として調整されてきたレドははじめて人間らしい生活を知る。一方、母艦とのリンクを失ったチェインバーの人工知能も人知れず変化してゆく。
ある日、ベローズのサルベージを手伝っていたレドは、地球人が神聖視する大型海棲生物クジライカと遭遇する。クジライカの正体は銀河同盟の敵ヒディアーズだった。 レドがクジライカを殺すと、ガルガンティアには動揺が広がる。一方、ピニオンはレド達の力を借りてクジライカが棲みつく海底遺跡をサルベージすることを計画する。まもなく船団長のフェアロックが死去すると、ピニオンや大船主フランジはガルガンティアから離脱する。レドは地球上のヒディアーズを殲滅することが自分の使命と考え、エイミーに別れを告げてガルガンティアを離れる。
海底遺跡へ向かったレドとチェインバーは、クジライカの群れを殲滅し、古代の記録媒体を発見する。そこには氷河期の到来を迎えた人類が、外宇宙への移民を目指す「コンチネンタル・ユニオン」と、ヒトゲノム操作とナノマシンにより極限環境に適応しようとする「イボルバー」に別れて争った記録が残されていた。ここで、ヒディアーズの正体が遺伝子工学によって変異した人類であることが明かされる。
旧文明の遺産を手に入れたピニオンは意気軒昂となるが、レドは新たな真実に激しく狼狽して戦いを拒絶する。チェインバーはレドに対して、チェインバーに象徴される科学文明が人間の本質であり、文明を捨てたヒディアーズとは戦わなければならないと淡々と主張する。その時、同じく地球に到達していたレドの上官クーゲル中佐が率いる船団が現れ、ピニオンやフランジの船団を強制的に併合してしまう。
クーゲル船団では、クーゲルとその乗機「ストライカー」を頂点とした宗教的な支配体制が築かれていた。クーゲルが人類銀河同盟と似た非人間的な管理体制によって地球を支配しようとしていることにレドは疑念を抱き、次の標的がガルガンティアであると知ってついにクーゲルに反旗を翻す。しかし、クーゲルは既に死亡しておりストライカーが船団を支配していたことが判明する。
ストライカーは自らを人類統治システムであると宣言し、服従せよとレドにせまる。ストライカーと、自ら思考し判断する人間を支援することがシステムの目的であるとするチェインバーは、互いをシステムの暴走とみなして激しく戦う。レドは死を覚悟するが、チェインバーはコックピットを分離し、レドが生きていくことが自らの存在意義を充足すると告げてストライカーと共に自爆する。
物語は、クジライカと共存しながら古代の遺物を回収する探検家となったレドと、平和が戻ったガルガンティアで彼を迎えるエイミー、そして海底でクジライカの巣礁となったチェインバーの姿を映し、幕を閉じる。続きを表示
©オケアノス／「翠星のガルガンティア」製作委員会
