前作『X-MEN VS. STREET FIGHTER』同様の2対2のチーム戦。戦闘は一度に画面に4人が出るわけではなく基本は1対1、しかし好きなタイミングで交代が可能でプロレスのタッグマッチに近い形式で行われる。スーパージャンプやエリアルレイヴなど、基本のアクションについても概ね前作同様である。
通常、4本の体力ゲージと2本のハイパーコンボゲージが画面には表示され、体力ゲージは各キャラごとに1本ずつ、ハイパーコンボゲージはチームごとに2人で1本を共有しており、3レベルまで溜められるというシステムになっている。
今作からチームの1人を倒すと、その場でキャラが消える仕様に変更されたため(前作では食らい判定を残しながら画面外までバウンドしていた)、ゲーム展開がよりスピーディーになった。次作以降もこのシステムが採用されスタンダードになっている。