OGシリーズのエピソード3だが、タイトルは『スーパーロボット大戦ORIGINAL GENERATION3』ではない。これは『スーパーロボット大戦OG ORIGINAL GENERATIONS』を「第1次」、その続編である本作を「第2次」とカウントしているためである。ただし、シナリオ自体はその間のエピソード2.5を描いた『スーパーロボット大戦OG外伝』からの続きとなっている。スーパーロボット大戦シリーズ初のPS3専用作品ということで画面の解像度が従来より上がり、HD画質になっている。また戦闘アニメーションにおいて、従来ではユニットと背景が共に2Dで描かれていたが、本作は背景が3Dで描かれるようになり、必殺技では特に視点がダイナミックに動くようになった。